A Secretaria Municipal de Meio Ambiente (SEMMA), desmembrada da Secretaria Municipal de Agricultura (SEMAGRI) no ano de 2021, é responsável pela formulação e coordenação da gestão e políticas ambientais no município de Muqui. Atua na emissão de licenciamentos ambientais, na fiscalização de infrações e danos ambientais, no desenvolvimento e na criação de projetos e programas de conservação e recuperação dos recursos naturais e em ações educativas. Além do mais, a SEMMA também se encarrega de desenvolver projetos e ações sobre áreas verdes em vias públicas, praças e áreas públicas de lazer, além de atender a serviços de arborização, poda e supressão de árvores.