A Coordenação de Imunização da Secretária de Saúde realiza as atividades de vacinação no município de Muqui. Além do armazenamento e organização das vacinas, sendo responsável pelas campanhas de vacinação e realização de bloqueios para evitar as doenças preveníveis. No momento 02 (duas) salas de vacina estão disponíveis para realização da vacina na Unidade Sanitária (Hospital Infantil), com funcionamento entre 07:00hs até às 16:00hs e nos dias de terça-feira com funcionamento estendido até às 18:00 horas. Para algumas vacinas especiais é realizado agendamento conforme orientação do Programa Estadual de Imunização.